该寺于梁天监八年（公元509年）由梁武帝敕建，距今已有近一千五百年历史。
几度风雨，几度春秋。2002年春，古寺易地重建、具有明代建筑风格的崇宁寺重新矗立于阳澄湖畔，占地一万余平米。古刹重生，风景、格局大胜于昔。“崇宁古寺”之匾，为现任中国佛协会长一诚长老所题，寺前的觉悟桥及飞檐门拱的天王殿、大雄宝殿和藏经楼，雄距守寺大院的中轴线。玉佛阁的建造是近代古典建筑的精品，四根名贵巴西红木立柱高擎，阁内藻井庄严，供奉近两米高的缅玉玉佛。寺西侧临湖岸处，建有150多个床位佛光山庄，装修素朗、雅致而大气。这里水天一色，梵呗相闻，既显佛地悠远清韵，也便游人休神怡情。
明代吴门画派著名画家沈周《夜宿崇宁寺》有诗：“佛座庄严苔借碧，僧窗点缀叶留红；灯临濁酒三更月，棹倚重湖叠浪风。”描绘出了古寺深夜人天俱静的风致。
如今信众和游人进入古寺，仰看牌坊题刻：“欲植净因莫问他处，思归正道且入此门”、定会令人顿生参佛之心；走出古寺时，拜读牌坊楹联：“娑婆有尽莲台在望，苦海无边回并没有是岸”，而韵味无穷。
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